Olá lojista,
Depois de criar as Categorias na sua loja, conforme esse passo a passo → Como criar uma categoria?
É preciso vincular os produtos nas respectivas categorias a qual pertencem. Nesse tutorial, eu vou te explicar o passo a passo de como fazer, é muito simples 
Vamos lá?
1º Acesse o Painel Administrativo → Produtos → Todos os produtos
2º Escolha o produto que queria alterar e clique em cima para editar:
3º Depois de acessar o produto, basta ir em Organização → Categorias e selecionar a categoria que queira vincular:
Outra forma de fazer a edição, é vinculando os produtos nas respectivas categorias com a edição massiva.
Segue o passo a passo:
1º Acesse o Painel Administrativo → Produtos → Todos os produtos
2º Escolha os produtos que queria editar selecionando-os na caixinha abaixo do produto, como mostra na imagem:
3º Depois dos produtos selecionados, vá na parte direita e clique em → Editar Selecionados → Categorias
4º Escolha a categoria que estes produtos selecionados serão vinculados e depois clique em salvar:
Prontinho 