Se definimos algum custo adicional fixo, o valor é somado mesmo em regras de frete grátis, ou seja, nas condições de frete grátis o valor cobrado fica R$ 2,00.
A regra de frete grátis deve sobrepor qualquer custo adicional.
Não fiz o teste utilizando descontos negativos (que somam algum valor fixo ou %), mas acredito que no momento da correção seja bom validar também este ponto.